Zaachila es el nombre oficial de este sitio que deriva de la palabra zapoteca Zaachila, que según algunas traducciones puede significar "primera hija; hacer; caminar; grasa; nube; persona oriunda de (algún lugar nombrado); o verdadero", es decir, Nosotros.
Así, zaa frecuentemente significa "zapoteca", y chil-la (o chijil-la) es el nombre del "Día lagarto" en el calendario indígena. En lengua náhuatl se le llama teo zapotlán que quiere decir "El dios de la zapoteca", compuesto por teutl que quiere decir "dios" y zapotlán que es el nombre que los mexicas dieron a esta provincia zapoteca.
